GTGT khai tháng hay quý, môn bài, hóa đơn sai: doanh nghiệp cần biết

Ba việc kế toán hay phải xử lý đều đặn mỗi kỳ — nộp lệ phí môn bài, chọn kỳ khai thuế GTGT, và sửa hóa đơn viết sai — đều vừa có thay đổi lớn trong năm 2025–2026. Nhầm giữa quy định cũ và quy định đang áp dụng dễ dẫn tới nộp thiếu, nộp sai kỳ hoặc xử lý hóa đơn không đúng cách.

Trả lời nhanh: lệ phí môn bài đã chấm dứt thu, nộp từ 01/01/2026, nhưng khoản còn nợ của năm 2025 trở về trước vẫn phải nộp. Thuế GTGT khai theo tháng hay quý phụ thuộc doanh thu năm trước liền kề (ngưỡng 50 tỷ đồng); doanh nghiệp mới thành lập được chọn khai theo quý. Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký lần đầu có thể được miễn thuế TNDN 3 năm, nhưng có điều kiện và trường hợp loại trừ. Hóa đơn viết sai phải xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, không được tự ý xóa.

Lệ phí môn bài đã bãi bỏ từ khi nào? Nợ cũ có bị xóa không?

Theo khoản 7 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 (Quốc hội thông qua ngày 17/05/2025), việc thu, nộp lệ phí môn bài chấm dứt kể từ ngày 01/01/2026. Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định 362/2025/NĐ-CP, trong đó bãi bỏ Nghị định 139/2016/NĐ-CP và Nghị định 22/2020/NĐ-CP — hai văn bản từng là căn cứ thu lệ phí môn bài.

Từ năm 2026 trở đi, doanh nghiệp không còn phải:

• Nộp tờ khai lệ phí môn bài (kể cả khi thay đổi vốn điều lệ trong năm).
• Nộp tiền lệ phí môn bài cho năm 2026 và các năm tiếp theo.

Chính sách mới không hồi tố. Nghị quyết 198/2025/QH15 chỉ nói “chấm dứt việc thu, nộp… từ ngày 01/01/2026” — không có điều khoản xóa các khoản lệ phí môn bài đã phát sinh trước thời điểm này. Doanh nghiệp còn thiếu lệ phí môn bài của năm 2025 hoặc các năm trước đó vẫn phải nộp đủ; nếu chậm, vẫn bị tính tiền chậm nộp và có thể bị cưỡng chế theo Luật Quản lý thuế như một khoản nợ thuế thông thường.

Với doanh nghiệp thành lập trong năm 2026, cần bỏ dòng “môn bài năm đầu” ra khỏi danh sách việc kế toán tháng đầu — đây là khoản không còn tồn tại đối với doanh nghiệp thành lập mới từ thời điểm này.

Doanh nghiệp khai thuế GTGT theo tháng hay theo quý?

Kỳ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) được xác định theo doanh thu, không phải theo lựa chọn tùy ý của kế toán. Theo Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC:

Sai lầm hay gặp: doanh nghiệp mới thành lập nhìn theo cách làm của kế toán viên từng làm ở công ty khác (đang khai theo quý vì đủ điều kiện) rồi áp dụng luôn mà không kiểm tra lại doanh thu thực tế của mình. Doanh nghiệp mới thành lập chưa có “doanh thu năm trước” để so sánh — quy định cho phép chọn khai theo quý trong giai đoạn này, nhưng sau khi đủ 12 tháng hoạt động phải tự đối chiếu lại theo ngưỡng 50 tỷ đồng.

Kỳ khai đã chọn gắn liền với hạn nộp tờ khai và hạn nộp tiền thuế tương ứng (theo tháng hoặc theo quý). Đổi kỳ khai giữa năm không phải là thao tác tự do trên phần mềm kế toán, mà phải theo đúng thời điểm và điều kiện quy định.

Doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập có được miễn thuế TNDN 3 năm không?

Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định cơ chế hỗ trợ thuế cho kinh tế tư nhân, trong đó khoản 4 nêu: doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong 3 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP quy định chi tiết điều kiện áp dụng.

Đây là ưu đãi có điều kiện, không phải mặc định cho mọi doanh nghiệp mới thành lập trong năm:

• Phải đúng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa theo quy định pháp luật hiện hành.
• Thời gian miễn thuế tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Nếu kỳ tính thuế đầu tiên dưới 12 tháng, doanh nghiệp được chọn hưởng ngay từ kỳ đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế bắt đầu từ kỳ tiếp theo (khoản 5 Điều 7).
• Ba trường hợp không áp dụng (điểm b khoản 3 Điều 7): (b1) doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình; (b2) doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ khi người này không phải thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã giữ đúng vai trò đó ở doanh nghiệp đang hoạt động, hoặc ở doanh nghiệp đã giải thể nhưng chưa đủ 12 tháng tính từ lúc giải thể đến lúc thành lập doanh nghiệp mới; (b3) thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật TNDN 67/2025/QH15.

Lưu ý với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài: Công văn 2169/TPHCM-QLDN3 ngày 09/3/2026 của Thuế TP.HCM trả lời một doanh nghiệp nhỏ và vừa có vốn nước ngoài là không thuộc trường hợp ưu đãi theo Nghị quyết 198/2025/QH15 và khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP; đây là văn bản trả lời một trường hợp, không phải văn bản quy phạm, nên Quý khách cần kiểm tra từng hồ sơ trước khi kê khai miễn thuế.

Hóa đơn viết sai thì hủy hay điều chỉnh?

Từ 01/7/2026, căn cứ xử lý hóa đơn sai sót đã đổi văn bản. Nghị định 254/2026/NĐ-CP (ban hành 30/6/2026) thay thế toàn bộ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và bãi bỏ Nghị định 70/2025/NĐ-CP — hai văn bản trước đây là căn cứ xử lý hóa đơn sai sót không còn hiệu lực. Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn chi tiết Nghị định 254/2026/NĐ-CP, trong đó Điều 10 quy định việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót.

Hóa đơn điện tử có sai sót — sai tên, mã số thuế, số tiền, thuế suất — vẫn không được xử lý bằng cách xóa hóa đơn cũ rồi xuất số hóa đơn mới thay thế hoàn toàn; đây là điểm nguyên tắc được giữ nguyên qua các lần sửa đổi văn bản. Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, cách xử lý phân theo mức độ sai sót:

• Sai sót không ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp (ví dụ sai tên, địa chỉ người mua): người bán chỉ cần gửi thông báo hóa đơn điện tử có sai sót theo mẫu quy định, không bắt buộc phải lập hóa đơn mới.
• Sai sót ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp (sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, đơn giá…): người bán lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế cho hóa đơn đã lập sai (điểm b khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC), hóa đơn điều chỉnh/thay thế phải ghi rõ số, ký hiệu, mẫu số, ngày lập của hóa đơn gốc.
• Hóa đơn đã được kê khai vào tờ khai thuế GTGT: phải điều chỉnh lại tờ khai liên quan theo đúng kỳ tính thuế bị ảnh hưởng, không chỉ sửa trên hóa đơn mà bỏ qua phần đã kê khai.

Cổng thông tin hóa đơn điện tử của cơ quan thuế là nơi đối chiếu dữ liệu hóa đơn đã phát hành. Xóa hóa đơn trên phần mềm nội bộ rồi xuất số hóa đơn mới — trong khi dữ liệu hóa đơn cũ vẫn còn trên cổng của cơ quan thuế — dẫn tới lệch dữ liệu giữa hai bên, dễ bị xử phạt về hóa đơn và bị ấn định thuế. Nên lưu lại văn bản thỏa thuận giữa hai bên (nếu quy định yêu cầu) và bảng kê điều chỉnh làm căn cứ đối chiếu sau này.

Doanh nghiệp đã quen với cách xử lý theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP hoặc Nghị định 70/2025/NĐ-CP cần cập nhật lại quy trình nội bộ và phần mềm hóa đơn điện tử theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Thông tư 91/2026/TT-BTC — không áp dụng nguyên quy trình cũ vì hai văn bản gốc đã hết hiệu lực từ 01/7/2026.

Thái Tín hỗ trợ gì

Thái Tín là đầu mối kiểm tra nghĩa vụ thuế hằng kỳ và kết nối đúng đối tác kế toán, thuế xử lý theo tình trạng thực tế của doanh nghiệp:

• Kiểm tra khoản lệ phí môn bài còn nợ của các năm trước 2026, xác định đúng số còn phải nộp trước khi bỏ dòng việc này khỏi sổ sách.
• Xác định đúng kỳ khai thuế GTGT (tháng hay quý) theo doanh thu thực tế, tránh chọn sai kỳ rồi phải sửa lại giữa năm.
• Kiểm tra điều kiện miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập, để kê đúng đối tượng ngay từ tờ khai đầu tiên.
• Kết nối đối tác kế toán xử lý hóa đơn sai sót đúng quy trình mới theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Cơ quan thuế xem xét, quyết định số thuế phải nộp và mức ưu đãi cụ thể; Thái Tín điều phối hồ sơ và kết nối đúng đối tác kế toán, thuế thực hiện phần chuyên môn.

Đang có khoản thuế hằng kỳ chưa rõ cách xử lý? Gửi loại hình doanh nghiệp và tình huống cụ thể (ví dụ: hóa đơn viết sai, chưa chắc kỳ khai GTGT của mình là tháng hay quý) để Thái Tín kết nối đúng đối tác tư vấn.

Hỏi đáp

Bài liên quan

Kế toán, thuế Doanh nghiệp mới thành lập cần làm gì về thuế, kế toán Giải thể Quyết toán thuế khi giải thể doanh nghiệp Hộ kinh doanh Thuế hộ kinh doanh từ 2026: bỏ thuế khoán, mốc doanh thu, hóa đơn